根据您提供的信息，如果一起交通事故发生在清原（假设是指辽宁省抚顺市清原满族自治县），而车主居住在本溪，那么理论上这起案件可以在清原的法院进行立案。通常情况下，交通事故案件可以由事故发生地、车辆登记地或者被告住所地的法院进行管辖。

至于诉讼费用，这会根据具体的诉讼请求金额来计算。在中国，民事诉讼的案件受理费通常是按照标的额的比例来收取的。例如，如果诉讼请求的赔偿金额为10万元人民币，那么根据中国现行的诉讼费用标准，大约需要缴纳2300元人民币左右的案件受理费。但是，这个费用可能会因为不同地区的规定有所差异，具体数额还需要参照当地法院的实际收费标准。

建议您咨询当地的法律专业人士或直接联系清原的法院获取最准确的信息。此外，如果您打算提起诉讼，可能还需要准备相应的证据材料，比如事故责任认定书、医疗费用单据、修车发票等，以便于支持您的诉讼请求。