北京市“一老一小”医保政策中，针对新生儿的医保待遇通常规定在出生后90天内办理完成相关参保手续后，从出生当天起即可享受医保待遇。如果由于特殊原因未能在90天内办理完成，可能会影响到医保报销的起始时间。

对于您提到的孩子出生时住院的医疗费用，具体能否报销以及报销的时间节点，需要参照北京市当年的具体医保政策执行情况和补充规定。建议及时联系当地社保局或社区街道办事处咨询详细政策，看是否存在特殊情况下的补办和报销办法。

有些地区允许在一定期限后补办，并对补办前发生的符合医保范围内的医疗费用给予报销，但也有严格限定必须在规定时间内办理才可享受医保的情况。因此，请务必尽快与相关部门核实处理方式。