根据东莞市积分入学政策，个人所得税确实是一个重要的积分项。具体到申请退税部分是否影响积分，我可以这样分析：

如果退税是因为合法合规的原因，比如符合国家税收优惠政策、依法享受专项附加扣除等情形下进行的退税，这并不影响你的积分计算。因为积分主要依据的是你实际缴纳的个人所得税金额，而这些退税是在你已缴税款基础上按政策返还的部分，并不影响对您纳税贡献度的评估。

但是，如果您存在虚假申报以获取退税或者有其他违反税法的行为，则不仅会影响积分，还可能面临税务行政处罚甚至法律责任。

建议您仔细核对个人所得税申报记录和退税情况，确保所有信息真实准确，并按照东莞市积分入学的具体要求准备相关证明材料。如果有特殊情况或不清楚的地方，最好直接咨询当地教育部门或税务机关获取权威解答。