你好，我是小查。针对你的情况，如果摩托车超过三年未年检，按照相关规定，车辆会被视为达到报废标准，确实比较棘手。
但从驾驶证的角度来看，并不一定非要注销。你可以尝试以下办法：
1. 与车管所沟通：携带相关材料，向南安和晋江两地车管所详细说明情况，争取协调处理。有时不同地区可能存在政策执行差异。
2. 申请车辆报废手续：如果车辆确实无法恢复使用，可以办理车辆报废手续，这样可以避免因车辆问题影响到驾驶证。
3. 法律救济途径：如果两地车管所都无法给出合理解决方案，可向上级公安交管部门反映，甚至通过行政复议或诉讼方式维护自身权益。
4. 保留驾驶证：只要不是因为严重违法导致的吊销，驾驶证本身不会仅因车辆问题被强制注销。但需确保无其他违章未处理或扣分满12分等情况。
建议尽快行动，以免耽误最佳处理时间。希望对你有所帮助！
