您好，我是小查律师。根据您的描述，您儿子的情况涉及几个法律问题：
1. 无证假牌摩托车抵押：当时接受一辆无证且假牌照的摩托车作为抵押物，这种行为本身就存在法律风险。因为这辆车本身是违法的，车管所有权依法没收。
2. 行政处罚：现在车管所对您儿子进行处罚（罚款5500元并拘留），主要是因为他之前未及时处理该违法事件。虽然他后来考取了驾照并通过几年年审，但之前的违法行为仍然需要承担责任。
建议：
- 确认处罚依据：要求车管所提供具体的处罚依据和法律法规，确保处罚合法合理。
- 申请行政复议或诉讼：如果认为处罚过重或者不合理，可以向上级行政机关申请行政复议，或者向法院提起行政诉讼。
- 咨询专业律师：针对具体细节，建议携带相关材料当面咨询律师，评估是否能减轻处罚。
希望以上信息对您有所帮助！如需进一步协助，请随时联系我。
