法院已经查封的厂房，当事人是不可以擅自拆除重建的。根据我国《民事诉讼法》及相关法律规定，查封是一种强制措施，目的是为了保障执行程序的顺利进行以及债权人的权益。被查封的财产未经法院许可不得转移、变卖或毁损，否则可能构成妨碍司法的行为，会受到法律制裁。

如果当事人确实有需要对查封物进行改造或者重建，应该先向作出查封决定的法院提出申请，并提供相应的理由和计划。只有在得到法院明确批准后才能实施相关行为。同时需要注意的是，在某些情况下，即便获得了法院同意，也可能需要按照规定缴纳保证金等以确保债权人利益不受损害。